西暦2203年、銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生じた。異次元斷層から別の銀河が現(xiàn)れ、核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。古代進(jìn)は宇宙戦艦ヤマトの艦長(zhǎng)として地球防衛(wèi)軍の命を受け調(diào)査に向かった。かつての盟友デスラー率いるガルマン?ガミラス帝國(guó)は壊滅的な被害を受けていた。そんな中、その異次元斷層から恒星間空間を回遊する水惑星「アクエリアス」が現(xiàn)れ、ディンギル星を水沒(méi)させる。ヤマトはディンギル星から一人の少年を救った後地球に向かうが、ディンギル帝國(guó)の艦隊(duì)の攻撃にあい、航行不能となる。しかし、落下中の衝撃で自動(dòng)操縦システムが働き、ヤマトは負(fù)傷した乗組員を乗せたまま地球へ向かう。地球は帰還したヤマトの情報(bào)から水惑星の存在を確認(rèn)。接近してくる水惑星を避けるために各惑星やスペースコロニーへの避難を開(kāi)始したが、ディンギル艦隊(duì)の巧みな戦術(shù)とハイパー放射ミサイルの攻撃の前に避難船団や地球艦隊(duì)は全滅していき、地球は封鎖されていく。ディンギルの長(zhǎng)ルガール神官大総統(tǒng)は新たな移住先として地球を目指していた。そして地球に移住するためにディンギル人の取った方法とは、自らの星を水沒(méi)させた水惑星「アクエリアス」を人工的にワープさせることで、同じく地球を水沒(méi)させて地球人類を絶滅させた後に移住するというもの。帰還したヤマトから奇跡的に救出された古代進(jìn)は戀人森雪の懸命の看護(hù)で一命を取り留めたが、自分の判斷ミスにより多くの乗組員の命を犠牲にしたと艦長(zhǎng)を辭任する。その頃、ルガール2世率いる艦隊(duì)は地球艦隊(duì)を撃滅し、一歩一歩地球に向かっていた。これに対抗するのは、もはやヤマトしかなかった。古代もヤマトに乗り込もうとするが、自身が艦長(zhǎng)を辭任したことで躊躇する。しかし、ヤマトの第一艦橋で聞いた初代艦長(zhǎng)沖田十三の聲にヤマトに乗り組む決意をする。ヤマトの船出の日、地球防衛(wèi)軍長(zhǎng)官より驚愕の発表がされた。ヤマトの艦長(zhǎng)が沖田十三であることを。沖田はイスカンダルへの航海の途中、ヤマトの艦醫(yī)佐渡酒造の診斷で死亡とされたが脳死には至っておらず、ヤマトのために戻ってきた。よみがえった沖田のもと、全地球の祈りを受けヤマトは発進(jìn)した。